In der kommenden Version 3.4 von WordPress können Autoren von Themes ihre Strukturen ausleben, da Page Templates in Unterverzeichnissen abgelegt werden können und WordPress kümmert sich um das Finden der Dateien.

Werden Child Themes genutzt, so muss ein Ersatz für das jeweilige Template in der gleichen Struktur abgelegt sein. Der Dateiname reicht nicht, die Ordner-Strukt muss ebenso im Child Theme vorhanden sein.

Weitere Hinweise im Artikel von Nacin; einer der Entwickler dieses Features
und im Track zum Ticket #20103.